一、培养目标不同
医学学硕主要培养研究型人才，锻炼学生的科研能力，如果学生毕业之后想留在大学任教或者做研究，就可以选择考医学学硕而医学专硕主要培养实践型人才，学生毕业之后，主要在医院就职。
二、学习环境不同
医学学硕的学习环境大多数在实验室，只有半年的时间是临床学习而医学专硕基本上三年都要在医院进行实习。三、证书不同
医学学硕的学生，毕业之后只有毕业证和学位证，没有其他证书而医学专硕的学生毕业之后，不仅可以拿到毕业证，还可以拿到规培证。
四、入学难度不同
医学学硕的公共课一般考英语一和数学一，难度较大而医学专硕的公共课一般考英语二和数学二，难度相对较低。