法律分析：分公司在履行合同期间依法注销了的话当然可以起诉总公司,而且也没有必要直接起诉总公司的,剩下的这部分还没有来得及履行的合同,应该直接由总公司继续履行下去。
法律依据：《中华人民共和国公司法》 第三十六条 有下列情形之一的，公司清算组织应当自公司清算结束之日起30日内向原公司登记机关申请注销登记：
(一)公司被依法宣告破产;
(二)公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现;
(三)股东会决议解散;
(四)公司因合并、分立解散;
(五)公司被依法责令关闭。